Bubble Witch 2 Saga propose plusieurs modes de jeu, chacun avec un défi différent à relever :
Classique : supprimez 6 bulles du plafond pour terminer le niveau.
Roue : faites éclater / tomber toutes les bulles de la roue pour libérer le fantôme.
Sauvetage : délivrez les animaux piégés dans les bulles.
Boss : battez Morgana en frappant son bouclier magique avec une bulle de la même couleur.